Отредактировать скрипт Dataflow\Library\scr_DataflowUtils (изменения выделены красным):
function InitRecordUpdateQuery(ImportObject) {
AddFieldParamCompareFilter(ImportObject.UpdateQuery.Filters,
ImportObject.Table.Fields('ID'), ImportObject.TableName.SQLName,
ImportObject.UpdateQueryIDParam, cotEqual);
function ImportDataByImportObject(Dataset, ImportObject, UpdateRecords)
InitRecordUpdateQuery(ImportObject);